2020年，空间全转录组测序技术被Nature Methods评为年度技术方法；2021年，华大Stereom…
目前，一种药物被批准上市平均需花费20-30亿美元和10多年的开发。基于结构的虚拟筛选有可能加速药物研发。通过…
合理有效的protocol是保证研究正常推进的重要手段，对于某一专业领域的研究人员来讲，长期研究总结的经验可能…
1. Bio3D的介绍 Bio3D 是一款依托于 R 语言的工具包，包含用于分析生物分子结构、序列和轨迹数据的…
蛋白质聚集的分子动力学模拟 （ Molecular dynamics simulations of prote…
经常做微生物实验室的小伙伴一定有过这样的经历——染杂菌！！！这些杂菌颜色大小各不相同，有些可以明显区分有些则不…
近年来随着计算机运算能力的提升以及先进算法的涌现，计算机辅助蛋白设计逐渐成为蛋白质工程的研究热点。其中DBTL…
用途 为Amber分子动力学模拟准备所需的拓扑和坐标文件。支持生物大分子、有机小分子体系，暂不支持膜蛋白。 预…
软件与材料 本文内容使用到如下软件： Ambertools 20 GROMACS 2019.5 Gaussia…
体系说明 本文主要针对蛋白配体模拟体系的预处理过程做一个简短的记录。体系中包含一个蛋白质，六个初始位置不同的配…
0. 引言 本文以前文为基础，对蛋白配体复合物分子模拟体系的结果进行一系列的粗浅分析，本文记述了简要的分析方法…
PCR，相信我们都不陌生，是一种选择性体外扩增DNA或RNA片段的方法，即通过试管中进行的DNA复制反应，使极…
很早之前就看过关于参考基因组的资料来着，最近又忘得一干二净了，想整理笔记的时候看到了这篇很早之前的文章，于是决…
作者：John Cumbers，SynBioBeta的创始人及CEO。SynBioBeta是合成生物学领域的学…
前言：昨晚听了师兄开的博客熊言熊语，印象最深的Jimmy, 以及徐洲更，果子的两期，顺带做了一枚DIY的发卡。…
前言：应师姐们的邀请，把大四时做Meta-Analysis的一些工具汇总到这里(也有一些新的)。其实做分析的工…
新型冠状病毒的特征 在具体介绍检测方法之前，有必要介绍下病毒本身。新型冠状病毒，世界卫生组织（WHO）最近将其…
在这段不得不在家充电的非常时期，小编无意中看到一种叫做RNA pull-down的实验技术，估计有很多小伙伴和…
我们经过系统的学习和整理发现研究蛋白-DNA互作共有三种应用广泛的技术，我们姑且称之为蛋白-DNA互作三驾马车…
前言 整理这个专题的缘由，是在朋友圈看到的求助信息。于是我想把我之前了解或者是做过的一些东西整理一下。 Q1:…
概述 荧光是指物质吸收某个波长的光，然后释放出另一个波长的光的现象。受到激发跃迁到一个较高的不稳定能量状态的电…
众所周知，在细胞膜或者膜结构上有很多跨膜蛋白，它们有些片段在细胞外，有些片段在细胞内，分别发挥着不同的功能。对…
作者: 刘源 北京大学化学与分子工程学院-王初题组特聘博士后 一、前言 去年CASP上AlphaFold打败了…
1 A:我设计的靶点化合物已经测完细胞活性，除了需要买蛋白回来测活性以外，还有没有什么替代的方法来验证活性? …
在使用殷赋云计算平台的时候，有不少用户对于如何选择蛋白晶体结构存在疑问。本篇就这个话题做一些经验分享。任何标准…
以下是我司精选的微信群聊天记录，想加入微信学术交流群的朋友，请在公众号“殷赋科技”首页输入“加群”，验证后入群…
以下内容来自殷斌科技微信学术交流群。 1 A:一般虚拟筛选的小分子结合能低，docking分数很不错但实际活性…
摘要：晶体学，冷冻电镜以及NMR是传统蛋白结构研究的三座大山，而随着计算机蛋白模拟技术的迅猛进步，使得x-ra…
免疫组织化学（Immunohistochemistry, IHC）是免疫染色最常见的应用，其原理是利用抗体与生…
正如世界上没有完全相同的两片树叶，世界上也没有两个相同的细胞，单个细胞都是独一无二的，它们在大小、蛋白质水平和…
【摘要】 主要介绍QM方法在计算生物酶反应机理中的应用，其中包括该方法下，一个常用软件模块Jaguar软件包的…
【摘要】 定向进化和理性设计是两种常见的酶分子改造策略。定向进化策略已经被成功应用于酶活性、稳定性、底物特异性…
第一步是蛋白酶切（Digestion) 成肽段 其中最常用的是胰蛋白酶，它在精氨酸（Arg）和赖氨酸（Lys）…
“表观遗传”使获得性遗传再次引起科学家的兴奋，它已成为生命科学界最热门领域之一。以DNA为载体的中心法则仍是传…
以下内容来自殷赋科技微信学术交流群。 一 A:对接的时候，小分子与蛋白的活性位点是怎么选呢?参照文献么?选择的…
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